Ústavy

• Centrální laboratoř
• Ústav aplikované farmacie
• Ústav farmaceutické technologie
• Ústav farmakologie a toxikologie
• Ústav chemických léčiv
• Ústav molekulární farmacie
• Ústav přírodních léčiv

Účelová zařízení

• Institut celoživotního vzdělávání
• Knihovna dr. Protivy

Děkanát

• Ekonomické oddělení
• IT oddělení
• Oddělení pro kvalitu a akademické záležitosti
• Oddělení pro mezinárodní vztahy a internacionalizaci
• Oddělení pro vnější vztahy a marketing
• Oddělení pro výzkum, projektovou podporu a doktorské studium
• Personální oddělení
• Sekretariát děkana
• Správa budov
• Studijní oddělení